Sau khi Thẩm phán xem xét đơn khởi kiện và các tài liệu, chứng cứ kèm theo, thấy có đủ điều kiện thụ lý vụ án hành chính, Thẩm phán sẽ báo cho Thư ký biết để chuẩn bị Thông báo cho người khởi kiện biết và đến Tòa án để nhận Thông báo nộp tiền tạm ứng án phí. Trong Thông báo nộp tiền tạm ứng án phí, Thư ký phải ghi rõ số tiền người khởi kiện phải nộp, địa chỉ cơ quan thu tiền tạm ứng án phí và thời hạn phải nộp tiền tạm ứng án phí là 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo. Khi người khởi kiện vụ án hành chính nộp biên lai thu tiền tạm ứng án phí cho Tòa án, Thư ký phải nhận và đưa vào hồ sơ vụ án, đồng thời vào sổ thụ lý vụ án ghi rõ số thụ lý và ngày, tháng, năm thụ lý vụ án trong sổ và bìa ngoài của hồ sơ vụ án.

-  Sau khi vào sổ thụ lý vụ án, Thư ký phải báo cáo ngay với Chánh án hoặc Phó Chánh án phụ trách để phân hồ sơ vụ án cho Thẩm phán giải quyết.

Khi Lãnh đạo Tòa án phân công hồ sơ cho Thẩm phán, Thư ký giao cho Thẩm phán, việc bàn giao hồ sơ phải có sổ ký nhận giữa Thẩm phán và Thư ký để tránh việc thất lạc hồ sơ.